Secondo Plinio il Vecchio il borgo di Portofino fu fondato durante l'Impero Romano col nome di Portus Delphini grazie alla grande popolazione di delfini presente ai tempi nel Golfo del Tigullio.
Fin dall'epoca longobarda nel territorio operavano i monaci dell'Abbazia di San Colombano di Bobbio.
A partire dal 1229 il borgo diverrà parte integrante della Repubblica di Genova, così come l'intero territorio rapallese, ora sede della locale podesteria, divenendo quasi rifugio della marina mercantile genovese grazie al suo porto naturale.
Nel 1409, dopo il suo allontanamento da Genova, l'imperatore Carlo VI di Francia venderà il borgo a Firenze, ma saranno gli stessi fiorentini a restituire poi il territorio alla Repubblica Genovese.
Fino agli inizi del XIX secolo Portofino era uno sconosciuto villaggio di pescatori, marinai e contadini che vivevano di una economia basata sulla pesca, l’attività marinara e prodotti locali, così come altrettanto modesto si presentava l’insediamento umano formato da poche rudimentali case, disposte una accanto all’altra e quasi tutte caratterizzate da portici e fondi dove venivano riposte le attrezzature per la pesca. Durante la prima metà del novecento, se da un lato il borgo era sempre frequentato da illustri i personaggi come ad esempio il barone Von Mummche nel 1914 ospitò il Kaiser Guglielmo II nella sua abitazione, e il conte di Carnavon nobile inglese famoso anche per aver iniziato gli scavi che nel 1922portarono alla scoperta della tomba di Tuthankamon, dall’altro il comparto ricettivo e dei servizi si amplia, cosicchè negli anni trenta gli esercizi superano la cinquantina tra cui 26 tra alberghi, ristoranti, bar e tavole calde.
Durante la seconda Guerra mondiale il borgo viene invaso dai militari tedeschi e bombardato. A Guerra ultimata molte nobili famiglie abbandonano la località, ma dopo un’intensa opera di ricostruzione il borgo è di nuovo in grado di richiamare nuove forme di turismo. Curiosa e suggestiva è la storia di Villa Altachiara, splendida dimora che il conte Carnavon fece costruire nel 1874 per il figlio George Herbert, noto come Lord Carnavon, egittologo finanziatore di campagna archeologiche in Egitto che portarono alla scoperta della tomba di Tuthankamon. Secondo la leggenda la maledizione di Tuthankamon ricadrà su coloro che hanno violato il suo riposo. Lord Carnavon morì poco dopo per la puntura di un insetto, e presto Villa Altachiara divenne teatro di eventi funesti che si succedettero nel tempo fino ad arrivare alla morte della contessa Francesca Vacca Augusta che muore tragicamente precipitando in mare dalla scogliera.